@parki Siehe https://joplinapp.org/help/apps/sync/e2ee/
Die Verschlüsselung muss man extra einschalten. Dann werden die Daten Endgeräte verschlüsselt und so über den Sync in der Cloud abgelegt.
Hab mal in meine Nextcloud geschaut. Zumindest bestehen die Dateien aus kryptischen Zeichenfolgen.